Nach einem langen Ball nach vorne forderte der englische Debütant Rico Lewis Bojan Miovski im Strafraum heraus und köpfte den Ball weg, doch der VAR erkannte eine Berührung und Schiedsrichter Filip Glova zeigte auf den Punkt.
Der Elfmeter von Bardhi wurde zunächst von Pickford abgewehrt, doch den Abpraller versenkte er im Tor der Engländer, die damit in Rückstand gerieten.
Die Entscheidung des Schiedsrichters missfiel Maguire so sehr, dass er sagte, Glova habe ihnen ein Tor geschenkt.
"Es war eine verrückte Entscheidung", sagte er.
"Ich sage es jetzt schon seit vielen Monaten: Es macht uns Verteidigern das Leben noch schwerer. Selbst in der Premier League spielen wir Woche für Woche gegen hochkarätige Stürmer und können unseren Körper nicht bewegen."
"Wir können nicht verteidigen, können keinen Körperkontakt herstellen, können uns nicht bewegen. Es sind einfach zu harte, zu milde Strafen und für mich ist es nie ein Elfmeter."
"Rico hat sehr, sehr gut darauf reagiert und wir haben danach eine starke Leistung gezeigt."
Gareth Southgates Team beendete den Spielplan 2023 mit einem unüberzeugenden 2:0-Sieg gegen Malta am Freitag, bevor sie 1:1-Unentschieden gegen Nordmazedonien in Skopje spielten.
Trotz des enttäuschenden Endes der Qualifikation waren dies zwei Ergebnisse, die sicherstellten, dass die Mannschaft die nötigen Punkte holte, um sich einen Platz in Topf 1 bei der Auslosung der Euro 2024 zu sichern, die am Samstag, den 2. Dezember, in Hamburg stattfindet.
Maguire gibt zu, dass Englands letzte beiden Qualifikationsspiele für die Euro 2024 nicht wie erhofft verlaufen sind, aber er sagt, dass die Mannschaft trotzdem "gut dasteht".
Daher war Maguire optimistisch, als er gebeten wurde, Englands Jahr zusammenzufassen.
"Es war ein grossartiges Jahr für uns", sagte er.
"Es war eine harte Gruppe und sich mit zwei Spielen Vorsprung zu qualifizieren war ein grosses Lob für die Jungs. Wir haben Italien zweimal geschlagen und auch der Ukraine vier Punkte abgenommen.
"Wir wussten, dass es ein hartes Lager werden würde. Wir wollten beide Spiele gewinnen, viele Tore schiessen und die Zuschauer unterhalten. Es hat nicht geklappt, wir haben uns ein bisschen schwerer getan, als wir sollten, aber ich denke, wir sind auf einem guten Weg."
Analyse: England muss einen Weg finden, um wieder zu gewinnen
Rob Dorsett von Sky Sports News in der Todor Proeski National Arena:
"Das war ziemlich gruselig in Skopje. England war schlecht, wie schon vor drei Tagen, und hatte weder die Qualität noch den Charakter, um einen Sieg gegen die Mannschaft zu erzwingen, die sie vor fünf Monaten noch mit 7:0 geschlagen hatte.
"Es gab eine Entschärfung für England [am Montag] - das Spielfeld war schlecht, was den Spielfluss nicht gefördert hat. Die Schiedsrichter waren schlechter, was England in den entscheidenden Momenten gekostet hat.
"Aber wenn England die Europameisterschaft im nächsten Sommer gewinnen will, und das will es, muss es besser sein, wenn es nicht so läuft, wie es soll. Die besten Mannschaften finden einen Weg, um zu gewinnen, und das ist England in Skopje nicht gelungen.
"Southgate wird zu Recht dafür kritisiert werden, dass er Harry Kane die meiste Zeit des Spiels auf der Bank liess. Die Tatsache, dass er nur wenige Sekunden nach seiner Einwechslung den Ausgleich erzwang, spricht Bände. Ollie Watkins hatte es schwer, sich in Szene zu setzen.
"Alles in allem ist das ein sehr enttäuschendes Ende des Länderspielkalenders 2023 für England, das in beiden Spielen gegen die kleinen Mannschaften von Malta und Nordmazedonien schlecht war. England konnte in beiden Spielen nur ein eigenes Tor erzielen - die anderen beiden waren Eigentore.
"Ganz einfach, wenn England keinen Jude Bellingham hat, wirken sie ein wenig unkonzentriert und inspirationslos. Und das ist besorgniserregend."
"Das Beste, was man sagen kann, ist, dass England in der Qualifikation noch ungeschlagen ist und dass dieses magere Unentschieden keinen Einfluss auf die Gesamtsituation hat. Es ist nicht viel, aber es ist etwas."
Englands Euro 2024-Qualifikation ist nun vorbei und sie sind erst am 23. März wieder im Einsatz, wenn sie Brasilien im Wembley empfangen.
Englands letztes Spiel, bevor Gareth Southgate seine Auswahl für die Euro 2024 benennt, ist gegen Belgien im Wembley drei Tage später.
